发布时间 : 星期二 文章LSF简易使用手册更新完毕开始阅读f5c816745a8102d276a22ff3
LSF简易使用手册
(2011-02-22 14:28:19)
LSF（Load Sharing Facility）是由platform公司开发的分布资源管理工具。它用来调度、监视、分析联网计算机的负载，可以对Cluster机群的资源统一调度和监控。
一 LSF使用方法 1、设置环境变量：
用户使用LSF前，应设置相应的环境变量： csh用户，登录系统后执行 source /export/lsf/conf/cshrc.lsf bash用户，登录系统后执行 . /export/lsf/conf/profile.lsf
用户也可写入.cshrc或.bashrc，则登录后就能设置相应的环境变量。
2、提交作业
LSF 使用bsub命令来提交作业。 bsub命令常见用法如下：
bsub –n z –q QUEUENAME –iinputfile –o outputfile COMMAND
其中z代表了提交作业需要的cpu数，–q指定作业提交到的队列， 创建时间：2006-12-12 15:54:00 1
如果不采用–q选项，系统把作业提交到默认作业队列（作业队列详细介绍请看下一节）。inputfile代表程序需要读入的文件名（例如namelist等），outputfile代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。COMMAND是用户要运行的程序。 （1）对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名
例如，对一个运行时间12小时内完成的串行作业mytest，提交方式为： bsub –n 1 –q QS_Norm –o mytest.out ./mytest
（2）对于并行作业COMMAND为“–a mpich_gmmpirun.lsf程序名” 因为并行作业必须用到MyriNET库，所以提交的时候必须使用 –a mpich_gmmpirun.lsf
例如对于一个12个小时内完成，使用16个cpu的并行作业mytest，提交方式为： bsub –n 16 –q QN_Norm –o mytest.out –a mpich_gmmpirun.lsf ./mytest
目前，系统规定每个用户最多只能使用16个cpu。
3、使用脚本提交作业
bsub命令可以使用输入脚本多次提交具有相同参数的作业，格式为：创建时间：2006-12-12 15:54:00 2
#BSUB –n Z #BSUB –q QUEUENAME #BSUB –o OUTPUTFILE COMMAND 该脚本的参数与命令行
“ bsub –n Z –q QUEUENAME –o outputfile COMMAND”参数相同。 提交时为bsub<脚本名
例如要提交一个12小时内完成，需要16个cpu的并行作业mytest，可以编写作业脚本bsub.scriptfile #BSUB –n 16
#BSUB –q QN_Norm #BSUB –o mytest.out
–a mpich_gmmpirun.lsf ./mytest
作业提交方法为：bsub 二、LSF队列状况 LSF分了如下几个作业组： 1、长时间并行作业组（LSF管理） （1）QL_Norm队列创建时间：2006-12-12 15:54:00 3 该队列用于运行长时间并行作业，作业不限执行时间。作业规模限制为：最多使用16个CPU。 2、串行作业组（LSF管理） （1）QS_Norm队列该队列用于串行短时间作业，最长作业执行时间为 12小时。 （2）QS_Long该队列专用于长时间串行作业，作业不限执行时间。 3、短时间并行作业组（LSF管理） （1）QN_Norm队列该队列用于运行短时间并行作业，最长作业执行时间为12小时。 （2）QN_Debug队列 该队列用于调试或试算，最长作业执行时间为5分钟。 请用户根据自己的需求，选择适当的作业组进行作业提交。 附：队列命名潜规则 新的队列命名遵循一定的潜规则，下面详细解释队列名中各字母的含义： QL_Norm：Q代表queues；L代表long，表示该队列运行长时间并行作业； QN_Norm：Q代表queues；N代表normal，表示该队列运行短时间 并行作业； QS_Norm：Q代表queues；S代表serial，表示该队列运行短时间串行作业； QS_Long：Q代表queues；S代表serial，表示该队列运行串行作业；Long表示长时间运行； （同中科院网络中心深腾6800） 三查看作业状态和删除作业等 几个常用的指令： bjobs检查提交作业状态 bjobs bjobs -w bjobs –r 显示正在运行的作业 bjobs –a 显示正在运行的和最近完成的作业 bjobs -p 显示等待运行的作业和等待原因 bjobs –s 显示正在挂起的作业和挂起的原因 bjobs -l 显示该作业的所有信息 bhist显示最近完成作业或正在运行作业的历史情况 bhist bkill删除不需要的作业 bkill bpeek当作业正在运行时显示它的标准输出，监视作业运行 bpeek bqueues显示队列信息 bqueues bqueues –l bhosts显示各节点作业相关情况 bhosts bhosts lsload lshosts处理各节点静态资源信息 lshosts lshosts 作业提交（命令行方式） l 队列设置（bqueues命令查看）： Parallel：此队列有64个节点，计算网络是infiniband（40G），每个节点有12个计算核心，24G内存；适合跨节点并行计算。 smp_high：此队列有40个节点，计算网络是以太网，每个节点有12个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。 smp：此队列有48个节点，计算网络是以太网，每个节点有8个计算核心，24G内存；适合单节点内并行，或少量节点间通信的跨节点并行计算。 l 应用设置（bapp命令查看）： amber g03 gaussian （g09） gromacs ms l 脚本范例 Amber（把下面内容编写成脚本） #BSUB -q smp （选择队列） #BSUB -app amber （应用） #BSUB -o %J.out （结果输出文件，以作业号为文件名） #BSUB -o %J.err （错误输出文件，以作业号为文件名） #BSUB -a openmpi （编译器） #BSUB -n 8 （计算核心的数量） mpirun.lsfsander.MPI -O -i min_2ojn.in -o min_2ojn.out -p 2ojn.top -c 2ojn.crd -r min_2ojn.rst -inf min_2ojn.inf G03（把下面内容编写成脚本） #BSUB -q smp （选择队列） #BSUB -app g03 （应用） #BSUB -k \（保存断点，作业停了可以继续运行） #BSUB -o %J.out （结果输出文件，以作业号为文件名） #BSUB -n 8 （计算核心的数量） g03 1reo6T-3.gjf G09（把下面内容编写成脚本） #BSUB -q smp_high （选择队列） #BSUB -app gaussian （应用）