发布时间 : 星期日 文章Bruker_晶体解析攻略-by J.H.Wang更新完毕开始阅读f28ce3fac8d376eeaeaa31c5
些杂志发得漂亮的图多是用diamond完成的。它的功能很齐全，可以画图，计算距离，扭转角等等，但这个软件在初学时给人的感觉是无从下手，不要紧慢慢琢磨后，发现这个软件是这三种画图软件中，个人认为最好的。它的基本步骤：
选择一个cif文件利用diamond打开，接下来是diamond程序自带的画图帮助窗口，一直“下一步”到问你是画单独的配位图，还是晶胞堆积图等几种选择，根据自己的要求，点“完成”。
然后，出现的图美观程度达不到我们要求的，这时就是精细修改的过程，diamond中都有相关的命令，若是发文章要画的图，diamond还可以设置分辨率，底色，输出图的格式。在画孔洞方面的图时，可以加入假原子，改变假原子大小，来表达孔洞的大小；对于具有螺旋结构的物质，还可以画出螺旋轴；特别是在讨论拓扑结构时，利用这个软件过滤掉不需要的原子或加上假原子画出的拓扑结构非常漂亮。
还有更值得一提的是，它可以制作小的动画短篇，如结构的旋转图等等，我们把这些动画与ppt相结合，会是你的答辩更精彩。 6.3 使用mercury程序画图
三个软件中，个人认为命令最简化的就是这个软件，但是它最大的缺点就是画出来的图的清晰度达不到有些杂志要求的，发在word文档中的感觉总是有些虚，若是作毕业论文用这个软件画图很方便，也比较好看，但是发文章的图还是用diamond好。我经常利用这个软件来看图，也就是说，当你要说明一个结构时，你得知道这个结构有什么特点，我经常利用这个软件来找出结构的特点，因为命令简单。刚打开时我们就可以看到基本的一个配位环境图，然后点几个命令就可知你的结构有没有氢键，是几维的结构；值得指出的是这个软件在算结构中有没有?-?堆积是最快的，不像shelx要记住N多的命令，所以当看到芳香环较近时，就利用这个软件看有没有?-?堆积吧，同时还可以计算距离，角度只需鼠标右键。坛子里有发这个软件的破解版，还可以搜索看到别人收录在CCDC的晶体数据，真的是很方便。所以我经常用这个软件来了解结构的特点，用diamond画图。
另外，值得指出的是diamond和mercury都可以模拟XRD衍射，不过后者模拟出来的更好看些，前者模拟的图形样式可以根据设置改，后者却不能。还有
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就是这两个软件都有自己的默认键长，在配位化学领域存在着一些不完全配位，在这两个软件中会以实线表达，这和配位键是一样的，若大家想用虚线表达不完全配位，在diamond里是可以办得到的；而shelx在不完全配位方式的表达是没有任何连线的，会让我们误解没有配位，所以在观察一个结构时最好用shelx和mercury相结合来找出配位特点。
总之，我们在画图时或观察结构特点时这三个软件相结合，因为各有各的特点，在加上我们自己要多努力琢磨，我们一样可以画出漂亮的图，自己的文笔不太好，大家见谅。
攻略七 秘密武器
7.1 xp程序的其他有用的命令
输入envi C1 3：显示出距离C1原子为3埃的所有原子，用此法可以寻找是否有氢键的存在？
输入mpln keywords：如输入mpln C1 C2 C3 C4，mpln C7 C8 C9 C10，将计算出由C1C2C3C4和C7C8C9C10确定的两个最小二乘平面以及两个平面简单夹角。
7.2 如何在CIF文件中表达氢键
1. 先在.ins中加HTAB(加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 2. 从name.lst中查看可能的氢键，一般会看到如下：
Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and
D-H d(D-H) d(H..A) 18 / 22 3. 在 .ins中, 加以下行 ACTA BOND $H HTAB HTAB O25 O21 EQIV $1 -x, -y, -z EQIV $2 -x, -y, 1-z HTAB O19 O4_$1 HTAB O21 O27_$2 (加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 4. 精修n轮到收敛 5. 那么, 在.lst中，你会看到 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 O25-H13...O21 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) O19-H3...O4_$1 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) O21-H6...O27_$2 5. 而在 .cif中，你会看到以下信息。注意一下symmtry code的对应关系. 比如3556 表示 -x, -y, 1-z _symmetry_cell_setting monoclinic _symmetry_space_group_name_H-M P2(1)/n loop_ 19 / 22 _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x, y, z' '-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' '-x, -y, -z' 'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' (这是P21/n空间群相对应的四个symmetry operations) loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O25 H13 O21 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 . O19 H3 O4 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) 3 O21 H6 O27 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) 3_556 7.3 获取CCDC号 CIF以附件发出去就可以了 deposit@ccdc.cam.ac.uk 信的模板可以这样， Dear Editorial Stuff: We deposite xxx pre-publication X-ray studies of metal-organic compounds as in attachment, all in CIF format, thanks for you editorial works. 1.如果你的晶体是organic compounds，那么就把信里面的 metal-organic compounds换成organic compounds就行了 20 / 22