发布时间 : 星期三 文章AutoDock_4.2_官方使用教程中文版(Bioms小组翻译)AutoDock4.2更新完毕开始阅读ddfa19c8647d27284a735154
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他选项的窗口：
ShowInfo 打开一个显示预测相互作用能，RMSD 等的信息面板。
BuildHbonds 和 ColorbyATOM/vdW/elect/total 能可视化氢键以及相互作用能。 PlayMode 和 PlayParameters 修改播放器的参数。
BuildCurrent 在当前指定的播放器中，BuildCurrent 将会在观察器中对构象建立一组新的坐标。这对于将多种构 象显示在同一个观察器是有用的。BuildAll 将会在播放器中对所有的构象建立坐标。 WriteCurrent 将会对当前播放器中的构象以 PDBQT 文件输出。 WriteAll 将会对播放器中的所有构象以独立的 PDBQT 文件输出。
WriteComplex 将会对当前播放器中配体和受体复合物构象以 PDBQT 文件输出。
Conformations>Load: 启动一个交互式的浏览器，允许选择集群的对接构象。预测的相互作用能的信息显示在顶 部，以及单个构象可以在底部的面板中选择。―rank‖ 值可以给出 cluster_rank（聚类排序）——例如，―1_3‖指的 是在最优聚类中的第三个最有利构象。底部的按钮可以通过扩大窗口显示，底部的按钮将会输出当前的坐标或 者关闭窗口。
Clusterings>Show:这个工具用来显示集群构象的交互式直方图。 Clusterings>Recluster:根据新的容差对对接的构象重新聚类。有数个可以用于重新聚类的标准值可在对话框中选 用。这个结果可用 Clusterings>Show 来分析。 Clusterings>ReclusterOnSubset:只是用一组选定的原子重新集群对接的构象。这个选项可以使用 PMV 菜单中的 ―select‖工具来执行。
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附录Ⅰ：AutoDock 文件格式
PDBQT 格式的坐标文件
扩展名：.pdbqt
―ATOM 口口] 口%-4s%1s%-3s 口%1sM%1s 口口口%8.3f%8.3f%8.3f%6.2f%6.2f%4s%6.3f 口%2s \\n\原子序号，原子名称，可变构象位点指示符，残基名称，链编号，残基序列号，插入残基的编号，x 坐标，y 坐标，z 坐标，位置因子，温度因子，脚注编号，局部电荷，原子类型 （―口‖符号用于表示一个空格。）
相对于标准的 PDB 文件来说， PDBQT 文件中添加了四个项目：
1) 在每个 ATOM 和 HETATM 记录的温度因子字段之后（第 67-76 列）添加了原子的局部电荷的字段。
2) 在每个 ATOM 和 HETATM 记录的局部电荷字段之后（第 78-79 列）添加了用于描述原子类型的字段（一个
或两个字母）。
3) 为了允许配体柔性，指定可旋转的键是有必要的。AutoDock 可以处理的可旋转键的数目最多为 MAX_TORS
（该参数已经被定义在―autodock.h‖文件中），默认值为 32。如果该值发生了改变，就必须对 AutoDock 进行重新 编译。请注意，AutoDock4.2 目前对扭转自由度为约为 10（即 10 个可旋转的键）的系统非常有效，但对于那些具 有更大柔性的系统可能多次对接的结果并不一样。在 PDBQT 文件中定义的扭转，使用以下的关键词：
ROOT / ENDROOT BRANCH / ENDBRANCH
这里使用了树作为喻体。以下面的图解为例： ―root（根）‖被定义为配体的中心部分， 从它上面长出了可旋转 的―branches（分枝）‖。而在分枝上又可能长出新的分枝。这些嵌套的可旋转键将按照从―叶子‖到―根‖的顺序依 次进行旋转。 对于这些 PDBQT 关键词的放置是需要慎重的，另外，为了使得各原子处于正确的分枝，有时候甚 至需要对 ATOM 和 HETATM 记录中的原子进行重新排序。AutoDockTools 就是为了帮助用户正确的放置这些关 键词而开发的，它同时还可以帮助我们对配体 PDBQT 文件中的 ATOM 和 HETATM 记录进行重新排序。
4) 在构象熵的计算中会使用到总旋转自由度，它是通过使用 TORSDOF 关键词后加可旋转键的整数数目来指定
的。在目前 AutoDock 4.2 的力场中，这是配体中可旋转键的总数，包括像氢氧根以及其它基团中只有氢原子 能移动的旋转键，但不包括那些在环上的键。（对于环的柔性的计算请参考附录Ⅱ）
注意：AutoDockTools，AutoGrid 和 AutoDock 并不识别 PDB 文件中的 ―connect‖记录，所以他们也不会把这 个记录输出到 PDBQT 等文件中。
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PDBQT 文件示例
REMARK 4 active torsions:
REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive) REMARK 1
A between atoms: N_1 and CA_5
REMARK 2 A betwee atoms CA_5 and REMARK 3 A betwee atoms CA_5 and REMARK 4 A betwee atoms CB_6 and ROOT ATOM 1 CA PHE A 1 25.412 19.595 12.578 1.00 12.96ENDROOT BRANCH 1 ATOM 2 2 N PHE A 1 25.225 18.394 13.381
1.00 13.04 ATOM 3 HN PHE A 1 25.856 17.643 13.100 1.00 0.00 ATOM 14.337 1.00 0.00 ATOM 4 HN PHE A 1 25.558 18.517 5 HN PHE A 1 24.247 18.105 13.350
1.00 0.00
ENDBRANC 1 2 BRANCH 1 ATOM 6 6 CB PHE A 1 26.873 20.027 12.625 1.00 12.45 BRANCH 6 ATOM 7 7 CG PHE A 1 27.286 20.629 13.923
1.00 12.96
ATOM 8 CD PHE A 1 27.470 22.001 14.050 1.00 12.47 ATOM 9 CE PHE A 1 27.877 22.571 15.265 1.00 13.98 ATOM 1 0 CZ PHE A 1 28.108 21.754 16.360 1.00 13.84 ATOM 1 1 CE PHE A 1 27.919 20.380 16.242 1.00 13.77 ATOM 1 2 CD PHE A 1 27.525 19.821 15.027
1.00 11.32
ENDBRANC ENDBRANC BRANCH 6 7 1 1 6 ATOM 13 13 C PHE A 1 25.015 19.417 11.141 1.00 13.31TOM 14 O2 PHE A 1 24.659 20.534
10.507 1.00 12.12
ENDBRANCH 1 13
TORSDOF 4
8
9
15
6 7
10
13
12
11
14
1
2
5
4
3
0.287
-0.065 0.275 0.275 0.275
0.082 -0.056 0.007 0.001 0.000 0.001 0.007
0.204 -0.646
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用于表示柔性受体侧链的 PDBQT 文件格式
受体的柔性侧链在 AutoDock 的模拟过程中会进行明确的处理。 AutoDock 需要一个单独的 PDBQT 文件来存放那 些被处理为柔性的侧链原子坐标。每一个残基的原子坐标和分枝关键词被放在 BEGIN_RES 和 END_RES 记录之 间。而那个把柔性侧链连接到蛋白质骨架上的原子（在模拟的过程中位置是固定的）将被视作―根‖。那些在柔性侧 链 PDBQT 文件中包含的原子必须从记录刚性受体部分的 PDB Q T 文件中移 去 。 例如，在下面的例子中， 苯丙氨酸残基的 α 碳原子被用作柔性侧链的根。它将被包含在柔性侧链 PDBQT 文件中，而在刚性蛋白 PDBQT 文 件中将被略去。
柔性侧链文件示例（具有两个柔性氨基酸残基）
BEGIN_RES PHE A 53 REMARK 2 active torsions:
REMARK status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)
REMARK 1 A between CA and CB REMARK 2 A between CB and CG ROOT ATOM 1 CA PHE A 53 25.41 19.595 12.578 ENDROOT
BRANCH 1 2 ATOM 2 CB PHE A 53 26.87 20.027 12.625 BRANCH 2 3 ATOM 3 CG PHE A 53 27.28 20.629 13.923 ATOM 4 CD1 PHE A 53 27.52 19.821 15.027 ATOM 5 CE1 PHE A 53 27.91 20.380 16.242 ATOM 6 CZ PHE A 53 28.10 21.754 16.360 ATOM 7 CE2 PHE A 53 27.87 22.571 15.265 ATOM 8 CD2 PHE A 53 27.47 22.001 14.050 ENDBRANCH 2
3 ENDBRANCH 1 2 END_RES PHE A 53 BEGIN_RES IL E A 54
REMARK
2 active torsions: REMARK status: for 'I' for Inactive) REMARK 3 A between CA and CB REMARK 4 A between CB and CG1 ROOT ATOM 9 CA ILE A 54 24.457 20.591 9.052 ENDROOT BRANCH 9 10 ATOM 10 CB ILE A 54 22.958 20.662 8.641 ATOM 11 CG2 ILE A 54 22.250 19.367 9.046BRANCH 10 12 ATOM 12 CG1 ILE A 54 22.266 21.867 9.298ATOM 13 CD1 ILE A 54 20.931 22.246 8.670ENDBRANCH10 12 ENDBRANCH 9 10 END_RES ILE A 54
1.00 12.96 1.00 12.45 1.00 12.96 1.00 11.32 1.00 13.77 1.00 13.84 1.00 13.98 1.00 12.47 1.00 12.30 1.00 11.82 1.00 12.63 1.00 13.03 1.00 14.42 0.180 C 0.073 C -0.056 A 0.007 A 0.001 A 0.000 A 0.001 A 0.007 A
0.180 C 0.013 C 0.012 C 0.002 C 0.005 C 26