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3. 绘制更复杂结构
3.1 目标 在这一章中,主要讲解以下内容: ? 如何用化学基团表画化学基团; ? 如何迅速地画环结构; ? 如何删除和替换原子; ? 如何画双键和三键;
? 如何画原子的电荷,阳离子和阴离子; ? 如何改变不同原子的性能。
3.2 使用基团表 化学基团表(Table of Radicals)中包括预先画好的氨基酸及其保护基的结构,还有核甘酸及其他常用结构。
1. 在常用工具栏(General toolbar)点击保存文件
面
(New Page)在同一文件中开始新的绘图。
(Table of Radicals),(Save File),然后点击新页
2. 在参考工具栏(References Toolbar)中点击基团表
显示如下基团:
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3. 在表中点击环己烷键(Cyclohexane)
的参考工具栏(References toolbar)。 4. 对环戊烷键
和羟基
重复以上步骤。
。环己烷键被选定,同时选定屏幕右边
注意:当基团表中新的化学基团被选中后,在参考工具栏中将自动添加该键。可通过双击该键或在参考工具栏再选择YES,删除该键。
3.3 使用环节构 1. 在右边参考工具栏中选择环戊烷键择。
2. 在工作区点击创建新的五元环。 3. 在同一工具栏中,选择环己烷离子
(Cyclopentane),或者从化学基团表中选
,将鼠标移动到环戊烷键,
再点击创
建如下结构。
4. 重复以上步骤,创建如下结构:
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5. 点击垂直键(Set Bond Vertically)
,再点击箭头所指的键,使
结构围绕该键旋转:6. 在基团表中点击COOH按钮
。
7. 点击箭头所指的原子,以衍生出羧基:
3.4 删除原子和基团 OOHHOOHOOHOHOOOOHO我们将在 结构删除箭头所指的原子使其成为如下
CH3CH3OH3CCH3CH3结构。
您可以这样作:依次删除每个原子,或一次自动删除所有原子。
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3.4.1 同时删除多个原子
在这个部分, 您将学会怎样立即删除所有必需的结构元素: 1. 点击结构工具栏中套索开关键(Lasso on/off)
,以激活套索选择模式
。
注意此时选择/移动工具 (Select/Move)也被激活。 2. 用套索线围住所有要删除的原子。
OOHHOOHOOHOOHOOOHO
3. 点击工具栏中的删除(Delete)键除。 或者
在键盘上按Delete删除。 注意:您可以通过套索(Lasso selector)
。点击任意一个被选定的原子,将它们全部删
和矩形套索(Rectangle selector)
子、键和图象。不选择图象时,点击任意空白即可。
选定原3.5 替换原子 CH3CH3替换箭头所指的原子,使结构
NH2NHNOHONOHNHNOHNHNH2OH3CCH3CH3成为:
,再点击所有细箭头指定的碳原
1. 点击原子工具栏(Atoms toolbar)中氮原子键
子。
2. 点击原子工具栏中氧原子键注意:在连续画图模式,再点击三个粗箭头指定的碳原子。
下,您不能替换原子(见4.2.8章)
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