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7. 在常用工具栏,点击保存文件,然后点击新建页面。

3.13 改变原子属性 如果您想显示ACD/ChemSketch中绘制的结构的化合价或者是某个原子的同位素的质量——甚至是改变原子的字体或大小——那么您就要用到属性面板了。

您可以使用在3.11中绘制的结构。下面我们一起来改变加号的大小并将可见元素符号加粗:

1. 在结构工具栏,点击选择/移动

2. 指向加号然后双击。这将调出属性面板。转到原子标签:

3. 如您所见,在预览区下方的按钮让您可以改变元素符号和电荷

大小,选择14号:

。字体

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4. 点击应用键(Apply)来显示选择部分的效果:

5. 选择结构的其他部分或整个结构然后双击,从属性面板中尝试修改其他不同属性。 6. 在常用工具栏,点击保存文件

,然后点击新建页面

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4. 超级结构、简化线性分子式和化学反应式

4.1 目标 本章讲解如何画更为复杂的结构,主要讲解的两个内容是:二维(2D)优化和三维(3D)优化。对于初学者,请务必在读完前面章节以后再阅读本章。具体内容如下: ? 如何利用2D优化和清理(Clean) 工具功能画环烷烃和氨基酸;

? 如何将化学结构式转化成简化线性分子式(SMILES),如何做相反的转化; ? 如何用3D Optimization 优化工具

画[2,2,2]环己烷, 三蝶烯(triptycene),立方烷

(cubane)和C20球碳结构(dodecahedrane)的3D优化结构; ? 如何画化学反应式。

? 使用反映计算器——仅限商业版!

4.2 2D-优化 清理功能(Clean)

可以理解为2D的优化。例如:可以重新画和调整大小,以使所有

键长和键角符合标准。使用该功能,您可以很容易地画出完美的结构。下面给出一些实例:

4.2.1 创建环烷烃结构

??该部分可由公司网站电影区(MOVES)中下载,文件名为:cycloalk.exe

使用该技术,可以很快画出完美的环烷烃结构,下面是如何画环壬烷:

1. 在原子工具栏(结构模式),点击碳原子

,并在工作区画出9个碳的链。注

2. 在结构工具栏,选择画链工具(Draw chains)

意游标显示着链中原子数。

H3CCH3

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3. 在结构工具栏,点击上下翻转按钮结构就被颠倒了:

4. 点击鼠标右键,选择通用画图工具(Draw Normal)

以建立连接的键。

,由一个原子拉到另一个原子,

5. 点击清理结构键(Clean Structure)

得到如下结构:

? 练习用以上方法画10个碳和8个碳的环。

6. 在常用工具栏,点击保存文件4.2.2 画环形的缩氨酸

,然后点击新建页面

??这部分可由我公司网站中下载或在电影区(Movies)中找到,文件名为:pept.exe。

让我们画一个如下结构,我们会再次发现结构清理键十分有效。

HC3OHNHOOHNONHNH

1. 确保您在结构模式下进行操作。

2. 在模板窗口切换到氨基酸的标签下,可以从打开模板窗口

窗口。

3. 从氨基酸系列中选择酪氨酸在空白区点击导入结构。 4. 从原子基团表

中选择Alanine丙氨酸

按钮中找到模板

和Tryptophan色氨酸,点

击指定的原子,连接上相应的官能团。

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