发布时间 : 星期二 文章LAMMPS学习记录更新完毕开始阅读7af2b6a3195f312b3069a566
1、时间单位
1s=103ms=106????=109????=1012????=1015???? 2、如何运行
开始-运行-cmd-输入“e:”回车，输入“cd lammps”直至找到可执行文件的位置，输入“lmp_win_no-mpi –in in.colloid”就可以计算了（新版本可能可执行文件的名称不一样了）。 3.LAMMPS的程序可以分为4个部分 Input script structure
A LAMMPS input script typically has 4 parts: 1. Initialization 2. Atom definition 3. Settings 4. Run a simulation
后面的两个根据需要可以重复多次. 4.系综的分类
NVE，微正则系综，具有相同的化学组成、体积、总能量的热力学体系的集合。粒子数N，温度T，体积V都相同的孤立热力学体系组成的系综称为微正则系综。微正则系综必须是孤立的，与外界没有任何物质和能量的交换，其容器也必须刚性，没有任何体积变化。
NVT，正则系综，具有相同化学组成、体积、温度的热力学体系的集合。粒子数N，温度T，体积V都相同的热力学体系组成的系综称为正则系综。正则系综必须处在刚性容器之中，没有任何体积变化，与环境之间也没有物质交换。正则系综热力学体系的总能量是变化的，不是固定的。
NPT，具有相同化学组成、压力、温度的热力学体系的集合。体系的压力固定或几乎固定，体系的体积却可以自由变化。是化学中最常用的系综。
巨正则系综是温度T，体积V，化学势??都相同的热力学体系的集合。巨正则系综体系也可理解为一个巨大的孤立体系中的一小部分，这一小部分与其他部分之间存在充分的物质和能量交换。
5.对一些命令的学习记录
LAMMPS中的许多操作都是基于group的。在建立group的基础上，进行各种操作。
利用VMD生成石墨烯:
使用VMD的Extensions->Modeling->Nanostructure Builder->generate Sheet(s) 就可以生成石墨烯，中间还可以修改各项参数，长，宽，层数都可以控制。 该命令同样可以生成碳纳米管，各项参数也可以修改。 6. VMD导出图片。打开File->Render->Start Rendering
7.（1）VMD导出pdb文件，右键，
（2）在VMD中建立好模型后，通过topo writelammpsdata file type（ topo writelammpsdata yourfilename）命令，可以将模型的atom,angle,bond,dihedrals,improper等信息导出到data文件。 8.LAMMPS data文件
data文件有两种格式，一种是二进制文件，一种是ascii文件，一般来说，我们可以看到的都属于ascii文件。ascii文件由两部分组成，一是文件头，二是原子信息。文件头包括一些说明的内容，还有原子数、键类型数、盒子的三维坐标上下界等一系列信息，原子信息部分就包括了每个原子的ID，三维坐标，类型等等信息，根据你选的atom_type不同，显示的内容也不一定相同。但至少都包括有原子ID以及坐标的信息。vmd中关于输出data文件的命令的完整格式为：topo writelammpsdata filename atom_type，在atom_type缺省的情况下默认为full。至于不同的atom_type有什么区别，参见lammps官方手册中atom_type的部分。这里要说明一点，lammps里面有一个命令叫write_restart，这个命令输出的data文件是二进制文件，所以我们使用文本编辑器打开之后看到的都是01这样的二进制数，可以使用一些小程序将二进制文件转换成文本文件（ascii文件），这些程序lammps工具包里有。 9.data文件格式
In the Atoms entry, the atoms can be in any order so long as there are N entries. The 1st number on the line is the atom-tag (number from 1 to N) which is used to identify the atom throughout the simulation. The molecule-tag is a second identifier which is attached to the atom; it can be 0, or a counter for the molecule the atom is part of, or any other number you wish. The q value is the charge of the atom in electron units (e.g. +1 for a proton). The xyz values are the initial position of the atom. For 2-d simulations specify z as 0.0.