发布时间 : 星期二 文章常用DNA分子标记类型和特点更新完毕开始阅读4b694b5c31b765ce05081498
常用DNA分子标记类型和特点
依据对DNA多态性的检测手段，DNA标记可分为四大类：
第一类为基于DNA．DNA杂交的DNA标记。主要有限制性片段长度多态性标记(RFLP)、可变数目串联重复序列标记(VNTR)、单链构象多态性RFLP(SSCP．RFLP)等；
第二类为基于PCR的DNA标记。主要有随机扩增多态性DNA(RAPD)，简单重复序列DNA 标记(SSR)，测定序列标签位点(STS)，表达序列标签(EST)，测序的扩增区段(SCAR)；
第三类为基于PCR与限制性酶切技术结合的DNA标记。主要有两种，一种是扩增片段艮度多态性(AFLP)，第二种是酶解扩增多态顺序(CAPS)；
第四类为基于单核苷酸多态性的DNA标记。主要是单核苷酸酸多态性(SNP)。 各类常用分子标记的特点和应用如下： 标记名称 RAPD 引物设计方法 以几个随机寡核苷酸(常用10个)为引物 特点 简便、易行、灵敏、安全性好、DNA用量少，能快速进行基因多态性研究，但重复性较差 应用 遗传资源保存、遗传多样性研究、种质资源鉴定、遗传资源分类、品种纯度鉴定、遗传图谱的构建、突变检测、基因标记和基因组比较 品种鉴别和品系纯度鉴定、分子标记连锁图谱构建、基因定位、种质鉴定和遗传背景分析、遗传多样性分析 多态性原因 多态性是由于引物与不同区段的同源序列结合，产生不同的DNA产物 RFLP 以单拷贝或低拷贝的 共显性、信息完DNA克隆(基因组 整、稳定性、重复DNA或cDNA)作探针 性好 多态性主要足由于限制性内切酶酶切位点或位点间DNA序列中 单碱基的替换、DNA片段的插入、缺失、易位和倒位等引起 多态性是由于SSR座位的基本单元重复次数的小同而形成 SSR 两端序列较保守，SSR共显性、信息完引物根据与微卫星重整、稳定性重复性复序两端的特定短序好，操作简单 列设计，用来扩增重复序列本身，从而揭 示微卫星的多态性。 生物遗传作图、基因 定位、群体遗传研 究、个体间亲缘关系 鉴定 SNP DNA测序中碱基的峰 SNP的数量极其丰 适应于复杂性状的多态性足由于单高和面积变化，已有 富，并且可以进行遗传分析、引起群体 个核苷酸的变异DNA序列比较，设计 自动化检 差异的基因识别 所引起 特定区域DNA片段的 特异PCR引物，扩增 相虑DNA片段并进行 序列比较 用两种能产生黏性末 不需要预先知道 端的限制性内切酶将 DNA序列信息的基因组DNA切割成分 情况下就可以同构建高密度的遗传 连锁图，DNA指纹 图谱构建 多态性是由于酶切位 点和其后的选择AFLP 子量人小不等的限制 性片段，然后将这些片段与其末端互补的已知序列的接头连接，所形成带接头的特异片段用作随后的PCR反应模版，PCR引物5’端与接头和酶切位点序列互补，3’端在酶切位点后增加1～3个选择性碱基 SCAR 时进行多数DNA酶切片段的PCR扩增，既有RFLP的可靠性又有RAPD的方便性 性碱 基的变异 根据RAPD或AFLP碱 克服了RAPD标记 生物遗传作图、基因 多态性是由于引基序列设计特异引物 的不稳定性，AFLP 定位 物与不同区段的标记的难操作性 同源序列结合，产生不同的DNA产物 适合于扩增产物的限 是一些特异引物 制性内切酶 PCR标记的延伸 适应于性状连锁标 记的发掘 多态性是由于特异 PCR产物DNA序列内 限制性晦切位点变异 CAPS