发布时间 : 星期三 文章在NAMD下利用Amber力场计算MD模拟的方法更新完毕开始阅读430c64b765ce050876321370
要， 两步搞在一起也没关系的， 我这里还是只贴一个MD的conf文件，剩下的大家自己改一下就好了。
############################################################# ## Step 1 约束backbone、Mg离子,优化水 ##
############################################################# # this simulation do a 3 steps minimization #step1 fix all non-water,minimize water
############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ##
############################################################# amber on
parmfile ./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.top ambercoor ./IN_2B4J_loop_adjusted_MG.crd
outputName ../outputs/IN_2B4J_loop_adjusted_MG_md_1
bincoordinates ../outputs/IN_2B4J_loop_adjusted_MG_heating.restart.coor binvelocities ../outputs/IN_2B4J_loop_adjusted_MG_heating.restart.vel extendedSystem ../outputs/IN_2B4J_loop_adjusted_MG_heating.restart.xsc set temperature 300 firsttimestep 0
############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ##
############################################################# # Input
#paraTypeCharmm on
#parameters ../pars/par_all27_prot_na.inp
# NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you # have also specified a .vel restart file! #temperature $temperature
# Periodic Boundary conditions precise values \57.8550033569 69.1809976101\# NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also
# specified an .xsc restart file! {121.847000122 95.2819976806 88.0310020447} if {0} {
cellBasisVector1 81.34 0. 0. cellBasisVector2 0. 79.25 0. cellBasisVector3 0. 0. 74.56
cellOrigin 42.1599960327 40.6278266907 38.5585861206 }
wrapWater on
wrapAll on
# Force-Field Parameters exclude scaled1-4
1-4scaling 0.833333 ;#scee=1.2 is default in amber, 1-4scaling=1/scee, and the default 1-4scaling in name is 1.
scnb 2 ;#2default in amber, 1-4 vdw interaction are diveded by this value.
###############Attention##################### #cutoff 12. cutoff 10.
############################################## ########### Attention! #################### #switching on switching off
########################################### switchdist 10. pairlistdist 13.5
# Integrator Parameters
timestep 2.0 ;# 2fs/step
rigidBonds all ;# needed for 2fs steps
rigidTolerance 0.00001 ;# for Amber 0.00000001 for Charmm nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 20
#PME (for full-system periodic electrostatics) if {1} {
PME yes PMEGridSizeX 80 PMEGridSizeY 80 PMEGridSizeZ 72 }
########################################################### Constant T/P contrl, useless here ############################### # Constant Temperature Control #
langevin on ;# do langevin dynamics # #langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps #
langevinDamping 1
langevinTemp $temperature #
langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens #
#
# # Constant Pressure Control (variable volume) #
#
useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps # useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane # useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane # if {1} { #
langevinPiston on #
langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm #
#langevinPistonPeriod 100. #
#langevinPistonDecay 50.
langevinPistonPeriod 200. #
langevinPistonDecay 100. #
langevinPistonTemp $temperature #
} #
############################################################################################################################## restartfreq 5000 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 5000 xstFreq 5000 outputEnergies 100 outputPressure 100
# Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1)
#(lipid and name P) or backbone or (segname B12 and noh) if {0} {
constraints on
consRef con_IN_short_DNA_2MG_md_2.pdb ;# 2 kcal/mol, backbone and nucleic and (resid 316 to 320 329 to 333)
consKFile con_IN_short_DNA_2MG_md_2.pdb consKCol B }
margin 2.0
############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ##
############################################################# # Put here any custom parameters that are specific to # this job (e.g., SMD, TclForces, etc...)
############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ##
############################################################# # Minimization run 3000000
看，其实和之前的优化部分没什么大区别。
4. MD 之后的处理：为什么用Amber？主要是因为它能做小分子的参数和拓扑。 那么Amber还有什么优势吗？ 当然了！MM-PBSA/GBSA！ 这里我简要说一下MM-PBSA/GBSA的问题。
首先你要做好复合物, 受体，配体的top/crd, 一共6个文件啊！！然后把你的DCD文件转化为crd文件（用VMD），然后就可以用MM-PBSA/GBSA的脚本去算了，当然，你要有Amber，还要有耐心。。。那个玩艺虽然算得挺快，但是总是挂掉，大家要小心，不要提交了作业就跑了，否则你回来了发现它挂了，多郁闷！关于具体的操作，请大家去看AMber手册，我就不越俎代庖了，毕竟咱不是专业的Amber-or。
5. 小结：此方法虽然可行，但是在做的过程中大家必然会遇到各种意想不到的情况（必然的），我也无法写出一个让大家一次就能成功地教程，毕竟软件本身也不是完美的。 大家如果遇到了什么搞不定问题，可以跟贴讨论。
感谢版主加分!希望大家多参与讨论. 以上的conf文件可以应付一般的用Amber力场的NAMD计算， 但是如果你的配体比较特殊，比如有金属，那么在你做对接时要小心，并且在做leap时也要注意。总之，和Charmm力场一样，一定要
确保输入文件的正确性，否则事倍功半！切记切记。。。！
对于NAMD调用amber立场，需不需要吧amber的力场文件下载下来，再植入到NAMD的源文件里面呢？看了发的帖子，好像只是输入的文件！谢谢！
不知道你有没有用GMX调用过amber的力场呢？是不是和NAMD差不多呢？
我还想要问一个问题，那就是由amber得到的轨迹文件与NAMD得到的轨迹文件，有多大区别呢？还是没什么区别？二者计算的mm_pbsa差的大吗？ 回答17楼的问题：
1, 不需要下载,但是需要用Amber的Xleap去生成NAMD需要的拓扑和坐标文件
2,没有用Gmx调用过Amber力场
3,没比较过,但是同样的蛋白结果差别不大. mm_pbsa的结果也没有比较过，但是得到的结果还是比较合理的
版主给的exam.rar中的par_all27_prot_lipid.prm是什么文件，太复杂看不懂了。
一般是不是需要pdb，psf，force field file 和 configuration file？
stevenyubin 发表于 2009-10-13 03:21
一般需要pdb，psf，force field file 和 conf
psf 可以在pdb 基础上生成, 但此时还需要charmm 力场中的top 文件
首先DS的输入文件是不可以用的~~ 运行NAMD之前，要写好输入文件
也就是配置文件CONF 根据官方教程的那个修改即可 蛋白质分子 PDB 坐标信息 蛋白质结构 PSF 结构信息 力场文件在CONF中设置即可
详情可以参考官方教程
par_all27_prot_lipid.prm 就是charmm 力场中的参数文件,不需要自己修改