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（对数行列式距离模型）。
对于编码的核苷酸序列，其遗传距离模型如下图所示：
如上图所示，对于编码蛋白质的DNA序列，Mega程序提供了一下几种模型：“Nei-Gojobori Method”，“Modified Nei-Gojobori Methoed”、“Li-Wu-Luo Method”、“Pamilo-Bianchi-Li Method”、“Kumar Method”。其中Nei-Gojobori方法和修正的Nei-Gojobori方法都包含三种距离模型：“Number of Differences”、“P-distance”、“Jukes-Cantor”。对于氨基酸序列，Mega所提供的遗传距离模型如下图所示：
如上图所示，对于氨基酸序列，Mega程序提供了一下六种遗传距离模型：“Number of Differences”（氨基酸差异数）、“P-distance”（P距离模型）、“Poisson Correction”（泊松校正距离模型）、“Equal Input”（等量输入距离模型）、“PAM Matrix（Dayhoff）”（PAM距离矩阵模型）、“JTT Matrix（Jones-Taylor-Thornton）”（JTT距离矩阵模型）。
在“Analysis Preference”操作界面中，“Pattern Among Lineages”仅提供了一个选项：“Same（Homogenous）”“，也就是说样本之间是有一定同源性的。“Rates among sites”提供了两个选项：“Uniform Rates”和“Different（Gamma Distributed）”。“Uniform Rates”意味着所有序列的所有位点的进化速率是相同的。选择“Different（Gamma Distributed）”，意味着序列位点之间的进化速率是不相同的，可以利用Gamma参数来校正，系统提供了四个数值可供选择：2.0、1.0、0.5、0.25；软件使用者也可以自行决定Gamma参数的大小。设置完毕后，在此界面中点击“OK”按钮，即可返回Mega操作主界面。
选择主操作界面“Distance”中的“Compute Pairwise”选项，可以计算样本之间的遗传距离的大小，其操作界面如下图所示：
“Data Type”显示数据的类型，图中为“Nucleotide”。
“Analysis”显示计算分分析的类型，图中为“Pairwise Distance Calculation”（配对差异距离计算）。
“Compute”显示所要运行的对象，又两个选项：“Distance only”（仅计算遗传距离）和“Distance&Std.Err”（计算遗传距离和其标准误）。
“Include Sites”显示利用哪些位点来计算，如果数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列，则全部参与计算，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则可以选择哪些位点（如密码子的第2位等）来参与运算。
“Substitution Model”是替代的模型 ，在下边“Model”中可以进行选择。 “Substitutions to Inclued”选择哪些替代类型（如下图所示）被用于运算，d选项将转换和颠换全部包括在内，s选项仅包括转换，v选项仅包括颠换，R为转换和颠换的比值，L为所有有效的普通位点的个数。
“Pattern among Lineages”和“Rates among sites”上文已有介绍，不再详述。 点击“Compute”按钮，即可开始计算。其显示运算结果的界面如下图所示：
上图是计算出的各个样本之间的遗传距离的矩阵。在最下端的状态栏，显示的是所利用的遗传距离模型，如图中所示：Nucleotide：Kimura 2-parameter。
“File”按钮共有四个下拉菜单：“Show Input Data Title”（显示输入数据的标题）、“Show Analysis Description”（显示分析信息的描述）、“Export/Print Distance”（输出或打印距离矩阵）、“Quit viewer”（退出此操作界面）。
“Display”按钮共有四个下拉菜单：“Show Pair Name”（显示配对序列的名字）、“Sort Sequence”（用何种方式对序列进行排序）、“Show Names”（显示序列的名字）、“Change Font”（改变字体）。“Sort Sequence”有两个选项：“Original”（按原先输入的顺序）和“By Name”（通过序列的名字）。
点击“Average”按钮可以计算平均的遗传距离，此按钮提供了四个下拉菜单：“Overall”（所有样本之间的平均遗传距离）、“Within Groups”（组内平均遗传距离）、“Between Groups”（组间平均遗传距离）、“Net Between Groups”（组间平均净遗传距离）。
在上述按钮下方还有六个按钮，如下图所示。
点击第一个按钮可以使数据以下三角矩阵的方式显示；点击第二个按钮可以使数据以上三角矩阵的方式显示；选中第三个按钮可以显示配对的序列的名字，点击第四个按钮，可以减少数据小数点后的位数；点击第五个按钮，可以增加数据小数点后的位数；拖动第六个按钮中的小竖条可以改变数据显示的宽度。
点击“File”下拉菜单中的“Export/Print Distance”选项，会弹出如下图所示的对话框：
“Output Format”选项可以确定输出数据的格式：“Publication”（一般格式）和“Mega”（Mega格式，把此数据保存可直接由Mega程序打开，进行构建系统发育书等遗传分析）。
Decimal Places（小数位的大小），“Max Entries per line”（每一行最多能显示的数据的个数）。
通过“Matrix”可以选择输出数据矩阵的方式：“Lower-left”（下三角矩阵）和“Upper-right”（上三角矩阵）。
点击“Print/Save Matrix”按钮，可以输出数，会弹出如下图所示的操作界面：
在上图中的数据和文字可以直接进行拷贝，粘贴到文本文档或Microsoft Word文档中。在此操作界面中，首先显示数据文件的一些信息，如数据文件的标题、总的样本个数、核苷酸替代的距离模型等。然后是每个序列的名字，之后是序列之间的距离矩阵。将此距离矩阵保存，可以用Mega或其他系统发育分析软件来做系统树。
点击Mega软件操作主界面的“Distances”下拉菜单中的“Compute Overall Mean”选项，可以计算所有序列的所有位点的平均遗传距离，其操作方法和界面同“Compute Pairwise”相仿。其运算结果如下图所示：