发布时间 : 星期三 文章构建系统发育树需要注意的几个问题更新完毕开始阅读03db7544eefdc8d377ee326a
C:\\temp\\jc.dnd；Output Alignment file, C:\\temp\\jc.aln；) Align → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。 (3) 掐头去尾 File-Save Sequence as… Format: ⊙ CLUSTAL GDE output case: Lower
CLUSTALW sequence numbers: ON
Save from residue: 39 to 1504 (以前后最短序列为准) Save sequence as: C:\\temp\\jc-a.aln OK
将开始和末尾处长短不同的序列剪切整齐。这里，因为测序引物不尽相同，所以比对后序列参差不齐。一般来说，要“掐头去尾”，以避免因序列前后参差不齐而增加序列间的差异。剪切后的文件存为ALN格式。
(4) File-Load sequences-Replace existing sequences?-Yes- C:\\temp\\jc-a.aln 重新载入剪切后的序列。 (5) Trees-Output Format Options
Output Files : √ CLUSTAL format tree √ Phylip format tree √ Phylip distance matrix
Bootstrap labels on: NODE CLOSE
Trees-Exclude positions with gaps Trees-Bootstrap N-J Tree ：
Random number generator seed(1-1000) : 111 Number of bootstrap trails(1-1000): 1000 SAVE CLUSTAL TREE AS: C:\\temp\\jc-a.njb SAVE PHYLIP TREE AS: C:\\temp\\jc-a.njbphb OK → waiting……
等待时间与序列长度、数量以及计算机配置有关。在此过程中，生成进化树文件*.njbphb，可以用TreeView打开查看。
(6) Trees-Draw N-J Trees
SAVE CLUSTAL TREE AS: C:\\temp\\jc-a.nj SAVE PHYLIP TREE AS: C:\\temp\\jc-a.njph SAVE DISTANCE MATRIX AS: C:\\temp\\jc-a.njphdst OK
此过程中生成的报告文件*.nj比较有用，里面列出了比对序列两两之间的相似度，以及转换和颠换分别各占多少。
(7) TreeView
File-Open-C:\\temp\\jc-a.njbphb
Tree- phylogram(unrooted, slanted cladogram，Rectangular cladogram多种树型) Tree-Show internal edge labels (Bootstrap value)(显示数值) Tree- Define outgroup… → ingroup >> outgroup → OK(定义外群) Tree- Root with outgroup
通常需要对进化树进行编辑，这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上，然后Copy至Word上，再进行图片编辑。如果直接Copy至Word则显示乱码，而进化树不能正确显示。
2.2 Mega建树
虽然Clustal X可以构建系统树，但是结果比较粗放，现在一般很少用它构树，Mega因为操作简单，结果美观，很多研究者选择用它来建树。
(1) 首先用Clustal X进行序列比对，剪切后生成C:\\temp\\jc-a.aln文件；(同上)
(2) 打开BioEdit程序，将目标文件格式转化为FASTA格式， File-Open- C:\\temp\\jc-a.aln， File-Save As- C:\\temp\\ jc-b.fas；
(3) 打开Mega程序，转化为mega格式并激活目标文件，
File-Convert To MEGA Format- C:\\temp\\ jc-b.fas → C:\\temp\\ jc-b.meg， 关闭Text Editor窗口-(Do you want to save your changes before closing?-Yes)； Click me to activate a data file- C:\\temp\\jc-b.meg-OK- (Protein-coding nucleotide sequence data?-No)； Phylogeny-Neighbor-Joining(NJ)
Distance Options-Models-Nucleotide: Kimura 2-parameter;
√d: Transitions+Transversions; Include Sites-⊙Pairwise Deletion
Test of Phylogeny-⊙Bootstrap; Replications 1000; Random Seed 64238 OK；
开始计算－得到结果；
(4) Image-Copy to Clipboard-粘贴至Word文档进行编辑。
此外，Subtree中提供了多个命令可以对生成的进化树进行编辑，Mega窗口左侧提供了很多快捷键方便使用；View中则给出了多个树型的模式。下面只介绍几种最常用的：
Subtree-Swap:任意相邻两个分支互换位置； -Flip:所选分支翻转180度；
-Compress/Expand:合并/展开多个分支； -Root:定义外群；
View-Topology：只显示树的拓扑结构； -Tree/Branch Style:多种树型转换； -Options:关于树的诸多方面的改动。
2.3 TREECON
打开Clustal X，File-Load sequences-jc-a.aln，File-Save Sequence as…(Format-PHYLIP；Save from residue-1 to 末尾；Save sequence as : C:\\temp\\jc.phy)； 打开TREECON程序，
(1) Distance estimation 点击Distance estimation-Start distance estimation，打
开上面保存的jc.phy文件，Sequence Type-Nuleic Acid Sequence，Sequence format-PHYLIP interleaved，Select ALL，OK；
Distance Estimation-Jukes&Cantor(or Kimura)，Alignment positions-All，Bootstrap analysis-Yes，Insertions&Deletions-Not taken into account，OK； Bootstrap samples-1000，OK；运算，等待…… Finished-OK。 (2) Infer tree topology
点击Infer tree topology-Start inferring tree topology，
Method-Neighbor-joining, Bootstrap analysis-Yes，OK.；运算，等待…… Finished-OK。
(3) Root unrooted trees 点击Root unrooted trees-Start rooting unrooted trees，
Outgroup opition-single sequence(forced)，Bootstrap analysis-Yes，OK； Select Root-X89947，OK；运算，等待…… Finished-OK。 (4) Draw phylogenetic tree
点击Draw phylogenetic tree，File-Open-(new) tree，Show-Bootstrap values/ Distance scale。 File-Copy，粘贴至Word文档，编辑。
TREECON的操作过程看起来似乎较MEGA烦琐，且运算速度明显不及MEGA，如果参数选择一样，用它构建出来的系统树几乎和MEGA构建的完全一样，只在细节上，比如Bootstrap值二者在某些分支稍有不同。在参数选择方面，TREECON和MEGA也有些不同，但总体上相差不大。
2.4 PHYLIP
PHYLIP是多个软件的压缩包，下载后双击则自动解压。当你解压后就会发现PHYLIP的功能极其强大，主要包括五个方面的功能软件：i，DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii，序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。 iii，对基因频率和连续的元素分析的软件。iv，把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。v，按照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件。vi，绘制和修改进化树的软件。在此，主要对DNA序列分析和构建系统树的功能软件进行说明。
(1) 生成PHY格式文件
首先用Clustal X等软件打开剪切后的序列文件C:\\temp\\jc-a.aln另存为C:\\temp\\jc.phy(使用File-Save Sequences As命令，Format项选“PHY”)。用BioEdit或记事本打开(2) 打开Phylip软件包里的SEQBOOT seqboot.exe: can't find input file \ Please enter a new file name> C:\\temp\\jc.phy